Всё исходит из механизма обновления пула VDI - он организован через снапшоты.
При обновлении шаблона ВМ ("золотого образа"), с которого уже сделаны условные 1000 VDI-машин, мы получаем 1000 одинаковых машин,
на которых полностью потеряны ВСЕ пользовательские данные и ВСЕ настройки, которые были сделаны на них ранее.
Нет никакого вспомогательного диска с дельтой изменений для каждой VDI-машины, которые потом накатываются на обновленный шаблон.
Официальная рекомендация Veil - хранить пользовательские данные на внешнем хранилище. 
Хорошо, тем более в linux это сделать достаточно просто: homedir пользователя размещается на NFS, который монтируется в /home

Предложение: Организовать NFS-шару с homedir пользователей например на брокере, и автоматом монтировать её в /home VDI-машин.
Брокер все равно знает и проверяет всех пользователей.
Чтобы задача по выносу пользовательских данных на некое внешнее хранилище решалась средствами VDI-системы.